Modalidade concedida pelo CNPq desde sua fundação, em 1951, que tinha o objetivo inicial de despertar jovens talentos para a ciência. Ao longo do tempo, os objetivos dessa modalidade foram ampliados e diversificados. Atualmente, a Iniciação Científica é concedida por meio de programas institucionais via Chamadas Públicas de propostas, lançadas periodicamente.

Os programas institucionais dirigidos aos estudantes do Ensino Superior são:

• Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica (PIBIC)
• Programa Institucional de Iniciação Científica - PIBIC nas Ações Afirmativas - PIBIC - Af
• Programa de Iniciação Científica e Mestrado (PICME)
• Programa Institucional de Bolsas de Iniciação em Desenvolvimento Tecnológico e Inovação (PIBITI)

Os programas voltados para os estudantes do Ensino Médio e Fundamental são:

• Programa de Iniciação Científica da Olimpíada.Brasileira de Matemática das Escolas Públicas (PIC-OBMEP)
• Programa de Iniciação Científica Júnior (IC-Jr/FAPS)
• Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica para o Ensino Médio (PIBIC-EM)

Prêmio

Para reforçar as ações e pemiar os bolsistas de iniciação científica dos programas institucionais, em 2003, o CNPq criou o "Prêmio Destaque do Ano na Iniciação Científica",  então atribuído a duas categorias: Bolsista de Iniciação Científica e Mérito Institucional. Os objetivos eram o de premiar os trabalhos de destaque entre os bolsistas de Iniciação Científica do CNPq, considerando os aspectos de relevância e de qualidade de seu relatório final de pesquisa, bem como de premiar as instituições participantes do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica (PIBIC) que contribuíram de forma relevante para o alcance das metas do Programa.

A premiação consistia em importância em dinheiro, passagem e hospedagem para os bolsistas participarem da Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC) e um troféu para instituição do Mérito Institucional. Foram premiados 3 (três) bolsistas, um por categoria, mais uma instituição para o mérito institucional. A cerimônia de premiação ocorreu no aniversário do CNPq.

A partir de 2004, a cerimônia de entrega do Prêmio passou a integrar as atividades de comemorações da Semana Nacional de C&T.

Em 2005, foi incluída na premiação uma bolsa de mestrado.

Em 2006, o agraciado na área de Ciências da Vida ganhava, também como premiação, uma visita a centros de pesquisas no Reino Unido, patrocinada pelo British Council.

A edição de 2007 contou com a parceria da Eletrobrás e do British Council, que patrocinou ao agraciado da área de Ciências Exatas, da Terra e Engenharias uma visita a centros de pesquisas no Reino Unido.

Após 2008, o número de bolsistas premiados passou de 3 (três) para 9 (nove), sendo 3 (três) por grande área. O British Council patrocinou o 1º colocado da área de Ciências Humanas e Sociais, Letras e Artes com uma visita a centros de excelência no Reino Unido.

Em 2009, o Prêmio passou a contar com a parceria da Academia Brasileira de Ciências (ABC) e da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC).

O Prêmio foi ampliado em 2012, quando passou a ser denominado "Prêmio Destaque na Iniciação Científica e Tecnológica", alinhado com as prioridades governamentais de incentivo à inovação tecnológica. Para tanto, foi criada uma nova categoria, denominada "Bolsista de Iniciação Tecnológica", compreendendo bolsistas do PIBITI e ITI.

Na edição 2013, os bolsistas do PIBIC-Af do Prêmio e a cerimônia de entrega passou a ser na reunião anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC) proporcionando, assim, maior visibilidade, notadamente, junto à comunidade acadêmica e aos universitários brasileiros.

A partir da edição de 2014, as coordenações do PIBIC, PIBITI e as instituições de pesquisa indicaram para concorrer à "etapa nacional" os bolsistas de Iniciação Científica e Tecnológica do CNPq que apresentaram os melhores relatórios, classificados ou premiados pelo comitê interno ou externo nas jornadas, salões ou seminários realizados nas instituições de ensino e pesquisa no segundo semestre de 2014. Caso a instituição não realizasse estes eventos, deveria receber as inscrições dos bolsistas e selecionar os melhores relatórios, por meio de um comitê interno de seleção, e encaminhar ao CNPq.

Para a edição de 2015, nas categorias Bolsista de Iniciação Científica e Bolsista de Iniciação Tecnológica, puderam ser indicados bolsistas do CNPq que desenvolveram projetos nos doze meses anteriores, mesmo que suas bolsas não tivessem sofrido continuidade. O prazo limite para que o agraciado com o prêmio solicitasse a bolsa de mestrado passou a ser de 24 (vinte e quatro) meses, contados a partir da cerimônia de entrega do Prêmio. Estabeleceu-se, ainda, uma formatação específica do relatório do bolsista para submissão ao Prêmio.

A partir da edição de 2016, a premiação foi ajustada para permitir ao agraciado a opção por uma bolsa de Mestrado ou de Doutorado no país, devendo, para tanto, apresentar carta de aceite do curso de pós-Graduação da instituição de ensino e pesquisa e atender aos critérios normativos do CNPq.

A edição de 2018 do Prêmio inovou na categoria Mérito Institucional, ao estabelecer, como parte da premiação para a categoria, a concessão de 5 (cinco) a 20 (vinte) bolsas adicionais do PIBIC e/ou PIBITI na cota da instituição agraciada, a depender do número de bolsas dessa instituição concedida por meio de chamadas CNPq.

Em 2022, já em sua 20ª edição, o CNPq implementou a categoria Bolsista de Iniciação Científica Júnior, que contempla os bolsistas do PIBIC-EM. Além disso, os valores das premiações para as categorias Bolsista de Iniciação Científica e Bolsista de Iniciação Tecnológica, que passou de R$7.000,00 (sete mil reais) para R$10mil (dez mil reais).